In de voorgaande jaren zijn regelmatig onaangekondigde controles uitgevoerd bij IKB Ei deelnemers. Dit is onder meer een eis vanuit ketenborging.nl. In het afgelopen jaar zijn door de corona-pandemie en de aanhoudende vogelgriep alleen onaangekondigde controles uitgevoerd n.a.v. signalen of meldingen bij het Meldpunt IKB. Nu fysieke controle in de meeste gevallen weer mogelijk is, worden de onaangekondigde controles weer structureler uitgevoerd. Deze controles vinden steekproefsgewijs plaats of n.a.v. signalen of meldingen bij het Meldpunt IKB. Dit gebeurt naast de reguliere controles. Er wordt een aparte, korte versie van de toetslijst gebruikt, waarbij met name gekeken wordt naar fysieke aspecten op het bedrijf, bijvoorbeeld de hygiëne van de stalruimte, eierlokaal en bedrijfsterrein. De kosten worden vanuit IKB Ei betaald, tenzij tijdens de controle een tekortkoming wordt geconstateerd. Dan zijn de kosten voor een eventuele herstelcontrole voor rekening van de betreffende deelnemer.